Можете да надхвърлите ограничението от 2 Gb чрез шардинг. Ограничението от 2 Gb се прилага за отделни процеси на mongod, а не за общите данни в шардирания набор от данни.
Тук е малко документация за това как да започнете с шардинга. Има също така скрипт на Python за настройка на разделен среда на една машина . Предполагам, че ще работи на Windows.