Нов съм в node, mongoDB и mongoose, но мисля, че правилният начин да направя това е:
var PackageSchema = new Schema({
id: ObjectId,
title: { type: String, required: true },
flashcards: [ {type : mongoose.Schema.ObjectId, ref : 'Flashcard'} ]
});
var FlashcardSchema = new Schema({
id: ObjectId,
type: { type: String, default: '' },
story: { type: String, default: '' },
packages: [ {type : mongoose.Schema.ObjectId, ref : 'Package'} ]
});
По този начин вие съхранявате само препратката към обекта, а не вграден обект.