Оказва се, че поставянето на изтеглената база данни mongodb в синхронизираната папка между хост машината и виртуалната машина е причинило някакъв проблем с разрешенията или проблем с конфигурацията.
Когато го извадите от синхронизираната папка - която най-вероятно съдържа Vagrantfile - и го поставите в папка, която не е синхронизирана/споделена, изглежда, че работи добре. Мислех, че ще спестя на някого 5-те часа, които загубих :-)
