Най-лесният е да конвертирате BSON в JSON и да използвате API на java.io, за да запишете тези данни във файлове. Обратното би било да се използват API на Reader (BufferedReader или FileReader), за да ги прочетат обратно и да ги конвертират в BSON.
Сега за конвертиране на BSON в JSON има няколко начина, в зависимост от използваните помощни програми, както и от API на официалния драйвер на Mongo, можете да изберете един по ваш вкус. Обратното също е вярно, в тази тема има много опции.
(Създаване на BSON обект от JSON низ )
Можете също да направите справка https://api.mongodb.com/java/3.0/org/bson/BsonDocument.html#toJson-org.bson.json.JsonWriterSettings-
Надявам се това да ви помогне :)