findOne поддокумент в Mongoose

Липсват ви teamMembers ниво на вашия обект, така че кодът ви трябва да се промени на нещо подобно:

Team.findOne({'teamMembers.username': 'Bioshox'}, {'teamMembers.$': 1},
    function (err, team) {
        if (team) {
            console.log(team.teamMembers[0].email);
        }
    }
);