не мога да получа данни от база данни след няколко декларирани схеми (mongoose + express + mongodb

Когато експортирате множество модели от един файл, както сте в schema.js, трябва да дадете на всеки експортиран модел собствен exports име на поле.

Например, заменете множеството module.exports = ... редове в schema.js с този код в края на файла, който експортира всички модели:

module.exports = {
    User: User,
    Question: Question,
    Answer: Answer,
    Module: Module,
    Role: Role
};

И след това в index.js можете да получите достъп до моделите така:

var models = require('./schema');
...
models.User.findOne(...