Connect-mongo сесиите не се изтриват автоматично

Не сте задали clear_interval за вашите сесии .. по подразбиране connect-mongo е -1 (или "никога"):

Пример за премахване на изтекли сесии на всеки час (3600s):

var sessionStore = new MongoStore({
     db: 'myappsession',
     clear_interval: 3600
});

Трябва също да се уверите, че сте задали maxAge на сесиите ви, за да изтекат действително (напр. като използвате 1 ден):

app.use(express.session({
    secret: "myappsecret",
    cookie: { maxAge: 24 * 60 * 60 * 1000 },
    store:sessionStore
}));