Извършването на актуализация на пътя „_id“ ще промени неизменното поле „_id“

Изглежда, че трябва да актуализирате само един Inventory запис. Можете просто да направите това:

app.put("/api/inventory/:sku", (req, res, next) => {
  return Inventory.updateOne(
    { sku: req.params.sku },  // <-- find stage
    { $set: {                // <-- set stage
       id: req.body.id,     // <-- id not _id
       sku: req.body.sku,
       total_qty: req.body.total_qty,
       current_qty: req.body.current_qty
      } 
    }   
  ).then(result => {
    res.status(200).json({ message: "Update successful!" });
  });
});

Няма нужда да създавате нов Inventory и т.н., тъй като всичко, от което се нуждаете, е да актуализирате съществуващ въз основа на sku

Ето още документация за updateOne