Защо новите документи в mongo имат обект, а не ObjectId?

Това е какво е ObjectID. Това е просто обект, който съдържа тези свойства.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ф~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ф~\u001d$©t е двоичен от 12 символа низ, който се преобразува в познатия шестнадесетичен низ от 24 знака (55107edd8e21f20000fd79a6 ), когато обектът като цяло е представен като текстова стойност (т.е. неговият .toString се извиква функция)

В Mongoose документите също имат .id getter, който ви дава 24-символния шестнадесетичен код като стойност на низ.