Напълно нов съм в бази данни, ориентирани към документи, и в момента се опитвам да разработя нещо като CMS, използвайки node.js и mongodb, така че се сблъсквам със същите проблеми като вас.
Чрез проба и грешка открих това основно правило:правя колекция за всеки обект, който може да бъде „субект“ за моите заявки, докато вграждам останалите в други обекти.
Например, коментарите в запис в блог могат да бъдат вградени, защото обикновено те са обвързани със самия запис и не мога да се сетя за полезна заявка, направена глобално за всички коментари. От друга страна, етикетите, прикачени към публикация, може да заслужават собствена колекция, защото дори и да са обвързани с публикацията, може да искате да разсъждавате глобално за всички тагове (например да направите списък с набиращи популярност теми).