Имам същия проблем за агрегирането на времето на регистрационни файлове. Мисля, че имам решението за вас.
Открих, че опцията socketTimeoutMS е отговорен за това. Проверете вашия mongo_client.js по подразбиране socketTimeoutMS стойност. За мен беше 2min . Mongodb модул версия 2.1.18.
Така че просто добавете тази опция във вашия URL адрес:
mongodb://localhost:27017/test?maxPoolSize=2&socketTimeoutMS=60000
Той ще зададе timeout до 10 мин. Това върши работа за мен.