Премахване на много към много препратки в Mongoose

Вие сте на прав път да използвате 'remove' междинен софтуер за това. Във функцията на междинния софтуер, this екземплярът на групата се премахва и можете да получите достъп до другите модели чрез неговия model метод. Така че можете да направите нещо като:

GroupSchema.pre('remove', function(next){
    this.model('User').update(
        {_id: {$in: this.users}}, 
        {$pull: {groups: this._id}}, 
        {multi: true},
        next
    );
});

Или ако искате да поддържате случаи, когато users полето във вашия групов екземпляр може да не е пълно, можете да направите:

GroupSchema.pre('remove', function(next){
    this.model('User').update(
        {groups: this._id}, 
        {$pull: {groups: this._id}}, 
        {multi: true},
        next
    );
});

Но както отбелязва WiredPrairie, за тази опция бихте искали индекс на groups за добро представяне.