Трябва да се обаждате само на mongoose.connect веднъж в кода за стартиране на вашето приложение. Това ще създаде набор от връзки по подразбиране за вашето приложение.
Вашият model1.js и model2.js файловете създават своите модели чрез извиквания към mongoose.model което ги свързва към връзката по подразбиране.
Така че всъщност се обработва вместо вас от Mongoose.