Builders
е наистина гъвкав клас, той също има заменени оператори "& =И" и "| =ИЛИ"
Вашият пример ще бъде
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));