Имам същия проблем. проблемът ми беше за промяна на масив вътре в db, тогава, когато се опитах да използвам .save(), той не разбра, че съм променил нещо, тогава .save() не работи. Просто използвам markModified() преди използвайте .save() и проблемът ми ще бъде решен.
това е моят код с проблем:(не работи)
club.members[index].name = new_name;
club.save();
това е моят разрешен код:(работещ)
club.members[index].name = new_name;
club.markModified('members');
club.save();
наслаждавайте се!