Публикуваният код наистина работи успешно - проблемът, който имах, беше нещо друго.
Направих нещо подобно:
Aggregation agg = newAggregation(
project("comments"), //This was the problem! Without this it works as desired!
unwind("comments"),
sort(Direction.DESC, "comments.createdAt")
);
Както написах в кода, исках да проектирам само коментарите -Поле за спестяване на допълнителни разходи - но това всъщност причини моя проблем!
Благодаря много за подсказката!