Не съм сигурен, че това е правилният начин, изпращането на убийство вероятно може да причини повреда на вашия монго сървър и ще трябва да поправите базата си данни след това в случай на срив.
Може би вече сте решили този въпрос, но ето какво правя:
mongo admin --eval "db.shutdownServer()"
Автоматично се свързвам с колекцията на администратора и след това просто трябва да стартирам extinction.
Ето официалната връзка за това как правилно да спрете Mongodb:http://api.mongodb.org/wiki/current/Starting%20and%20Stopping%20Mongo.html
Най-доброто
