Размер на виртуална памет и резидентният размер ще изглежда много голям за процеса mongod. Това е доброкачествено:пространството на виртуалната памет ще бъде просто по-голямо от размера на отворените и картографирани файлове с данни; резидентният размер ще варира в зависимост от количеството памет, която не се използва от други процеси на машината.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Caching
Когато премахнете обект от колекцията на MongoDB, пространството, което той заема, не се събира автоматично за боклук и новите записи се добавят само в края на файловете с данни, което ги прави все по-големи и по-големи. Това обяснява всичко:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
За начало просто използвайте:
db.repairDatabase()