MongoDb:намерете дълбоко вложен обект с $lookup

Можете да намерите вложено device използвайки $filter, $arrayElemAt и $let:

device: {
    $let: {
        vars: {
            building: { 
                $arrayElemAt: [ { $filter: { input: "$company_name.buildings", cond: { $eq: [ "$$this._id", "$buildingId" ] }} }, 0 ] 
                }
        },
        in: {
            $let: {
                vars: {
                    gateway: {
                        $arrayElemAt: [ { $filter: { input: "$$building.gateways", cond: { $eq: [ "$$this._id", "$gatewayId" ] }} }, 0 ] 
                    }
                },
                in: { $arrayElemAt: [ { $filter: { input: "$$gateway.devices", cond: { $eq: [ "$$this._id", "$deviceId" ] }} }, 0 ] }
            }
        }
    }
}

Пълно решение