MongoDB 3.2 (издаден през ноември 2015 г.) предлага криптирана машина за съхранение. Няма нужда да използвате API на трети страни за криптиране на вашите данни преди вмъкване или криптиране на цялото устройство. Повече подробности можете да намерите тук. Имайте предвид обаче, че се предлага само за изданието Enterprise.
Той работи с механизма за съхранение на WiredTiger, който е включен като алтернатива на двигателя за съхранение по подразбиране MMAPv1 от 3.0. Ако вашата база данни все още използва MMAPv1, прочетете това ръководство за стъпките за конвертиране на база данни от MMAPv1 в WiredTiger.
Както Фернандо Пас отбеляза в коментарите, криптираното хранилище е достъпно само в изданието MongoDB Enterprise.