проверявам ви от клауза, това ли е името на вашата колекция? Използвах име на схема вместо името на колекцията, което води до празен резултат.
{$lookup:
{
from: 'classes', //check this
localField: 'owner',//**String**
foreignField: '_id', //**ObjectId**
as: 'classes'
}
}