Mongo DB намира всички записи с най-висока стойност в зависимост от ключово поле

Така е, но подходът е малко по-различен:

db.myCol.aggregate([
    {$sort: {value:-1}},
    {$group:{
        _id: "$user",
        doc: {$first: "$$ROOT"}
    }},
    {$replaceRoot: {newRoot: "$doc"} }
])