Как да задам изчакване на заявка за Mongoose?

Можете да направите това с Query#maxTime метод.

Така че във вашия случай бихте го нарекли така:

MySet.find({}).maxTime(10000).exec(function(err, doc) { ... });

Можете да потвърдите, че задава правилно maxTimeMS опция, като активирате отстраняване на грешки в Mongoose чрез mongoose.set('debug', true); и след това ще видите изход на конзолата за тази заявка, който изглежда така:

Mongoose: myset.find({}) { maxTimeMS: 10000, safe: true, fields: {} }