Подозирам, че стойността, която се опитвате да получите, не е във вашата Schema но се съхранява във вашата база данни.
Имате две решения от там. Можете да добавите entity_id към вашата Schema и Mongo ще може да го обвърже с Document обект, който получавате. Това е препоръчителният начин.
Или можете да заобиколите mongoose Schema и достъп до необработения документ, съхранен в базата данни с docs[0]._doc.entity_id . Не препоръчвам това решение, освен ако не знаете какво правите.