Можете да направите това, като използвате $where:
db.coll.find( { $where: "this.field1 > this.field2" } );
Но:
Javascript се изпълнява по-бавно от родните оператори, но е много гъвкав
Ако производителността е проблем, по-добре е да следвате начина, предложен от @yi_H.
