Съхраняването на enum стойности в MongoDB като низове е напълно добре и да, ако индексирате полето, бих очаквал производителността да бъде сравнима с индексираните целочислени заявки. Със сигурност е по-изразително от използването на цели числа.
Единственият реален недостатък е, че те ще заемат повече място, ако низовете ви за изброяване са малко дълги, но това е доста тривиален проблем.