В 3.2 това е възможно. Първо проектирайте така, че myField да съдържа само последния елемент, а след това съвпадение на myField.
db.collection.aggregate([
{ $project: { id: 1, myField: { $slice: [ "$myField", -1 ] } } },
{ $match: { myField: "myValue" } }
]);