Експортирайте резултата за агрегиране на mongodb в нова колекция

Започвайки от Mongo 2.6.0 можете да направите това естествено без никакви допълнителни манипулации.

db.<collection>.aggregate( [
     { <operation> },
     { <operation> },
     ...,
     { $out : "<output-collection>" }
] )

Проверете новия оператор за агрегиране $out за по-подробен пример.

P.S. използвайки този начин, не сте ограничени до размер от 16 Mb.