Ето един mongoosey начин да използвате оператора $in.
User.find()
.where('fb.id')
.in([3225, 623423, 6645345])
.exec(function (err, records) {
//make magic happen
});
Намирам, че нотацията с точки е доста удобна за заявка в поддокументи.
http://mongoosejs.com/docs/queries.html