Mongo преобразува всички числови полета, които се съхраняват като низ

Нещо подобно трябва да работи от mongo shell:

db.yourCollection.find({}).forEach(function(doc) { 
    if(isNaN(doc.xyz)) { 
        print('found string: ' + doc._id);
        db.yourCollection.update( 
           { _id: doc._id}, 
           { $set : { "xyz" : parseFloat(doc.xyz) } }
        )
    }
})

Той преминава през всеки документ, използва isNaN както предложихте, след това $sets стойността на parseFloat стойност за текущия документ.