Използвайте $in
оператор за предаване на списъка с факултетни стойности за премахване на документи от вградения масив. Повече here
Опитайте
db.groups.update(
{"_id": ObjectId("5a7da1bda21d5f3e8cf005b3")},
{"$pull":{"group_members":{"faculty_number":{$in:[8025,7323]}}}}
)