Може би курсорът ви е изтекъл на сървъра. За да видите дали това е проблемът, опитайте да зададете timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Вижте https://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Ако това е проблем с изчакване, едно възможно решение е да зададете batch_size (с. други отговори).
