Изглежда, че горният код няма да работи. Дори не трябваше да работи за първия пример, който дадох.
В крайна сметка бях подкрепен от този отговор тук:MongoDB, премахнете обект от масив
Ето моят работещ код:
userAccounts.update(
{ userId: usr.userId },
{
$pull: {
connections: { _id : connId }
}
},
{ safe: true },
function removeConnectionsCB(err, obj) {
// ...
}
);