Вътрешен масив за сортиране на Mongodb

Можете да направите това чрез $unwind чрез updates масив, сортиране на получените документи по date , а след това $group събирането им отново заедно на _id използвайки сортирания ред.

db.servers.aggregate(
    {$unwind: '$service.apps.updates'}, 
    {$sort: {'service.apps.updates.date': 1}}, 
    {$group: {_id: '$_id', 'updates': {$push: '$service.apps.updates'}}}, 
    {$project: {'service.apps.updates': '$updates'}})