Както беше споменато в коментарите, можете да използвате mysqldump по следния начин.
mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql
Ако искате това да бъде във вашия php файл, можете да направите следното
exec('mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql');