Използвайте Python, за да заредите данни в Mysql

Да, възможно е, ще трябва да прочетете данните от CSV файловете с помощта на CSV модул.

http://docs.python.org/library/csv.html

И инжектирайте данните, използвайки Python MySQL обвързване. Ето един добър начален урок:

http://zetcode.com/databases/mysqlpythontutorial/

Ако вече познавате python, ще бъде лесно