не трябва да използвате phpmyadmin за това, трябва да използвате mysqldump. от командния ред е
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
от php скрипт
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
това е лесно за автоматизиране с cronjob
