Всеки допълнителен софтуер, който добавяте към системата, добавя сложност. Сложността е враг на сигурността.
PHP уеб приложенията са известни с небрежното кодиране и със сигурност phpMyAdmin има повече от своя дял от дупки в сигурността в миналото. Със сигурност можете да смекчите щетите, като напр. поставяне зад HTTPS с клиентски сертификат, но това няма да предотврати атаки за фалшифициране на междусайтови заявки.
За производствена машина наистина бих предпочел да се придържам към конзолата.