Опитайте да използвате ISNULL
Почти съм сигурен, че причината е, че когато сравнявате IS NULL с NULL, резултатът е NULL, следователно False, следователно защо се оценява на вашето ELSE 1
SELECT c.customerID, o.OrderID, CASE When ISNULL(o.OrderID, 0) = 0 Then 0 Else
1 End as YesNO
FROM Customers c
LEFT JOIN Orders o
ON c.customerID = o.customerID