Това също ме подлудяваше. Най-накрая забелязах „предупредително“ съобщение, което гласи „Не може да се генерира план за разполагане поради вътрешна грешка“. Поради това и двата бутона Актуализиране и Генериране на скрипт бяха деактивирани.
Разреших това, като затворих Visual Studio, навигирах до папката, съдържаща проекта за база данни и премахнах всички (*.dbmdl) файлове . След това рестартирах Visual Studio, стартирах отново схемата за сравнение и бутонът Актуализиране беше активиран.