Това ми се случи на някои дълго работещи скриптове, които генерираха нови индекси. Заобиколното решение, което използвахме, беше да използваме:
update-database -Script
След това EF изхвърля SQL миграцията на екрана и след това можем да стартираме SQL директно от сървъра, така че да няма проблеми с изчакването.
