Вижте тази връзка за добро въведение с мостри.
Мисля, че криптирането на данните в приложението е по-добре, защото в този случай прехвърлените данни вече са криптирани. В противен случай трябва да използвате защитен канал между вашето приложение и сървъра на базата данни.
Бих казал, че зависи от вашите нужди.