Успях да постигна това, като поставих всеки edmx
в отделна сглобка. След това в низа за свързване заменете всички res://*/...
с res://NameOfAssembly/...
Мога дори да извършвам свързвания между двата модела на обекти (противно на твърденията, които намерих в други източници), напр.:
var oneDb = new Entities2000();
var otherDb = new Entities2005();
var results = from one in oneDb.SomeSet
join other in otherDb.OtherSet
on one.Property equals other.Property
select new {
SomeProp = one.SomeProp,
OtherProp = other.OtherProp
};