Можете да използвате скриптова задача в рамките на цикъла, за да извършите филтрирането на регулярни изрази:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/regex-filter-for-foreach-loop.html
Или можете да използвате (безплатен) изброител на трета страна:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/custom-ssis-component-foreach-file.html