Актуализирайте и добавете, освен ако не е празно

Звучи сякаш имате нужда от CASE :

update myTable 
set  Prefixes = 
           case 
               when Prefixes is null or Prefixes = ''
               then 'abc'
               else convert(nvarchar(max),Prefixes) + ', abc' 
            end
where MyCol='xyz' and (Prefixes not like '%abc%' or Prefixes is null)

Вижте SQL Fiddle с демонстрация