Все още бих използвал SqlBulkCopy
за бързо копиране на вашите данни от външния файл в промеждукова таблица който има същата (плоска) структура като файла (ще трябва да създадете тази таблица предварително)
След като се зареди, можете да разделите данните в множество таблици, като използвате напр. съхранена процедура или нещо подобно - трябва да е доста бързо, тъй като всичко вече е на сървъра.