Първо запазете заявката си в sql текстов файл (текстов файл с разширение .sql). Не забравяйте да добавите оператора USE в началото, който казва на сървъра с коя база данни искате да работите. Използвайки примера от MSDN:
USE AdventureWorks2008R2;
GO
SELECT p.FirstName + ' ' + p.LastName AS 'Employee Name',
a.AddressLine1, a.AddressLine2 , a.City, a.PostalCode
FROM Person.Person AS p
INNER JOIN HumanResources.Employee AS e
ON p.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.BusinessEntityAddress bea
ON bea.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.Address AS a
ON a.AddressID = bea.AddressID;
GO
След това във вашия пакетен файл стартирате SQLCMD и му предавате sql файла (с пътя) като параметър.
Ако трябва също да се удостоверите, ще трябва да добавите параметри -U и -P към вашата SQLCMD команда.
Ето статия в MSDN, която се занимава с помощната програма sqlcmd с повече подробности.