Hibernate (/JPA) страниране от страна на сървъра и MS SQL Server

Малко късен отговор, но може да бъде полезен, така че ще го публикувам. Имах точно същия проблем и главоболие, за да го проследя. Решението е да използвате org.hibernate.dialect.SQLServer2012Dialect който е включен в Hibernate 4.3.0. Генерираната заявка става (поставяне на реално дъмп на Hibernate без имена на колони и псевдоними):

WITH query 
     AS (SELECT inner_query.*, 
                Row_number() 
                  OVER ( 
                    ORDER BY CURRENT_TIMESTAMP) AS __hibernate_row_nr__ 
         FROM   (SELECT TOP(?) <COLUMN_NAMES> AS <ALIASES>
FROM <TABLE_NAME>
) inner_query) 
SELECT <ALIASES>
FROM   query 
WHERE  __hibernate_row_nr__ >= ? 
       AND __hibernate_row_nr__ < ?

Обърнете внимание на използването на вътрешна заявка и Row_number() функция. Най-накрая го решиха!