Решен. След като тествах почти всеки възможен показател за производителност и прегледах всяка част от кода, открих, че грешката е причинена от малко остарял код на базата данни. Основният проблем беше причинен от код, използващ:
SqlConnection.ClearPools;
За бъдещи справки, всички други разработчици, които искат да отстраняват грешки в своя код и да управляват пулове за връзки, отличен ресурс може да бъде намерен тук:http://www.codeproject.com/KB/dotnet/ADONET_ConnectionPooling.aspx
