MERGE обикновено е по-бърз, защото има по-малко DML операции, а също така е препоръчителният подход от документацията. С "традиционния" начин обработвате таблиците два пъти - веднъж, за да проверите за съществуване и веднъж, за да изпълните вашия DML. С MERGE всичко се капсулира с една операция - следователно един набор от издадени ключалки, един набор от регистриране и т.н. и т.н.
Въпреки това е доста субективно какво всъщност правят вашите запитвания. Вероятно трябва да погледнете Оптимизиране на ефективността на MERGE Statement в MSDN.
